Tras su victoria sobre Berenguer Ramón II el Fratricida en la batalla de Tévar, el Cid se dirige a Daroca para recuperarse de las heridas y la subsiguiente enfermedad que le aquejó.Allí recibe noticias del deseo del conde de Barcelona de hacer las paces. Rodrigo, tras mostrarse remiso, aceptó con la condición de que el barcelonés renunciara a cualquier aspiración a cobrar las parias del reino musulmán de Lérida, Tortosa y Denia, donde a la sazón moría su monarca, Al-Mundir al-Hayib, dejando un heredero tan joven --Sulaymán Sayyid ad-Dawla-- que tuvo que ser tutelado por los Ibn Betir, dos hermanos y un primo que se repartían la regencia de los tres distritos leridanos. En adelante los Ibn Betir pagarían las parias al Cid a cambio de su protección. El protectorado cidiano se extendía así desde Tortosa hasta Denia, usurpando, desde el punto de vista de Alfonso VI de León, el poder recaudatorio que en Levante le cediera años atrás. A fines de 1090, recuperado el Campeador, se establece en Burriana y desde allí comenzó a someter las fortalezas que aún no reconocían su autoridad: Cebolla (actual El Puig) y Liria.
Entretanto, el emir almorávide Yusuf ibn Tasufín había cruzado de nuevo el estrecho para deponer a los reyes taifas. Para ello instigó la proclamación de fetuas que declaraban la ilegalidad de las parias y otros impuestos no recogidos en el Corán, y denunciaban la actitud colaboracionista con los cristianos de estos monarcas andalusíes. Comenzó por derrocar al rey zirí de Granada Abdalá ibn Buluggin, quien nos dejó un valioso testimonio autobiográfico en sus memorias. Poco después, su hermano mayor Tamim ibn Buluggin, régulo de Málaga, era también destronado. Yusuf ibn Tasufín volvía al Magreb, pero dejaba los ejércitos almorávides al mando de Sir ibn Abu Bakr con la orden de acabar con la espléndida corte de Al-Mutamid y su reino taifa de Sevilla.
Tanto el último zirí de Granada como el postrer abadí sevillano compraban su protección a Alfonso VI, que intentó cumplir con las obligaciones de las parias enviando dos ejércitos de socorro a los reyes hispanoárabes. El primero, bajo el mando de Álvar Fáñez, no consiguió reconquistar Sevilla para los andalusíes; para el segundo, a sus órdenes directas, reclamó la ayuda del ejército del Cid con el fin de retomar Granada para el desterrado a Mequinez Abdalá ibn Buluggin. El Campeador estaba a punto de culminar con éxito el sitio a Liria cuando recibió cartas de Constanza de Borgoña (esposa de Alfonso VI) que le recomendaban unirse a la hueste del rey, pues la disposición de Alfonso era favorable a una reconciliación. El Cid, efectivamente, levantó el asedio y se dirigió a Martos donde esperaba el rey de León y Castilla. Pero pronto surgieron las desavenencias.
El Cid no se conformaba con subordinarse a Alfonso y mantenía la actitud de un soberano aliado y no la de un vasallo. Sin duda este proceder acabó por incomodar al monarca, que le afeó su conducta públicamente, quizá reprochándole que se hubiera apropiado de las parias que el rey de León consideraba de su zona de influencia. Además la expedición fracasó. Ya no había enemigo con el que combatir, pues Ibn Tasufín estaba en Ceuta y había dejado una fuerte guarnición en Granada que, de seguro, impidió toda rebelión mozárabe o hispanoárabe, y el ejército conjunto de Alfonso y Rodrigo no debió poder subsistir mucho tiempo sin la colaboración de los granadinos opuestos al poder almorávide.
Frustrado y de regreso, Alfonso VI tuvo con el Cid un fuerte enfrentamiento personal en Úbeda, a resultas del cual aquel intentó arrestarle, aunque este consiguió evadirse, con su mesnada, hacia tierras levantinas de las que nunca regresaría.
Tras analizar los hechos, no puede decirse, en puridad, que el Cid fuera el perfecto y humilde vasallo que nos transmite el Cantar de mio Cid, pero tampoco el mercenario que quiso Dozy, pues Rodrigo podía haber hecho caso omiso a la llamada de Alfonso cuando dominaba el Levante de Tortosa a Denia y estaba a punto de conquistar la fortaleza de Liria, a la que tuvo que renunciar por el momento. Nada extraordinario le podía reportar el acudir con sus tropas al llamado del rey de León y, sin embargo, intentó la conciliación.
