Conquistada la ciudad, El Cid asume su señorío bajo el título de príncipe de Valencia, por lo que desde el 17 de junio de 1094 hasta la reconquista musulmana de mayo de 1102, cuando Jimena, la esposa del Campeador, abandona la urbe a instancias de Alfonso VI, el territorio cristiano tendrá estatus de principado.
Nada más tomar posesión el Cid reunió a los principales de la ciudad en el arrabal de Villanueva, donde el antiguo palacio real de Abd al-Aziz le servía de residencia, y proclamó las primeras medidas de gobierno. Se comprometía a devolver a sus dueños las tierras del alfoz, a suprimir todo impuesto ajeno al Corán y respetar los usos y costumbres islámicas, bajo los cuales impartiría justicia entre los mahometanos. Prometía, asimismo, devolver los bienes incautados por el ex gobernador Ibn Yahhaf a sus propietarios legítimos, suprimir el comercio de esclavos y designar almojarife (ministro de hacienda) a su fiel Ibn Abduz, un musulmán.
Estas medidas suponían que El Cid gobernaría el principado valenciano como un estado multicultural, donde la mayoría islámica mantendría sus leyes y costumbres. Sin embargo, la conversión de la mezquita aljama en catedral indica que el principado pasaba identificarse con una conquista cristiana, y en este sentido incide la documentación de donación a la catedral, donde el obispo Jerónimo de Perigord expresa inequívocamente el afán de cruzada que movía por entonces las conciencias del clero francés.
Inmediatamente el Cid exigió a Ibn Yahhaf, el ya destituido cadí, la entrega del tesoro real de Al-Qádir íntegro, pero el antiguo gobernador alegó que ya no lo conservaba. Rodrigo Díaz, desconfiando, le advirtió de que de encontrarlo, aunque fuera solo en parte, se reservaba la opción de castigarle con la pena de muerte. Pronto el Cid hizo saber a los magnates de la ciudad, a través de su almojarife, que deseaba capturar a Ibn Yahhaf. Los notables valencianos se conjuraron para apresar al ex alcaide y llevarlo a poder del Campeador. Más tarde Ibn Yahhaf es conducido a Cebolla (Yubaila), donde fue torturado para obtener información sobre el paradero del tesoro regio, con nulos resultados. Vista la firmeza del reo, se le mandó escribir una relación de todos sus bienes con aviso de que si se le encontraba algún bien no declarado o que se demostrara perteneciente al tesoro real, sería ajusticiado. Se ordenaron registros a aquellos que habían formado parte del círculo de confianza del ex gobernador, ante lo cual no tardarían en aparecer grandes cantidades de joyas cuya custodia había sido ordenada por Ibn Yahhaf bajo la promesa de repartirlas si la guarda resultaba eficiente.
Para Rodrigo los hechos eran flagrantes. Solo quedaba preguntar a Al-Waqasí, poeta y alfaquí a quien el castellano había nombrado caíd de Valencia por consejo de los notables mahometanos de la ciudad, qué pena debía recibir según la saría el perjuro regicida, a lo que el sabio caíd (que moriría dos años más tarde el 23 de junio de 1096) respondió que la lapidación. Fuera apedreado o quemado en la hoguera (como relata Ibn Alqama), el caso es que El Cid dispuso ejecutar a quien había gobernado la ciudad en los años previos a su conquista.
